La salut i el benestar dels animals son objectius sovint considerats simultàniament ja que per tenir benestar és necessari que els peixos estiguin sans, i al mateix temps, peixos que es troben en condicions allunyades al benestar desenvolupen amb una major facilitat problemes de salut. Ambdós tenen una repercussió a més molt clara en el rendiment de la producció. Així doncs tant per temes d’ètica animal, com per la rendibilitat del procés econòmic, la salut i el benestar dels animals és una peça clau i per tant fonamental per la sostenibilitat de l’aqüicultura.
Exemples d’activitats a desenvolupar poden ser:
a. La recerca per una immunoprofilaxi vacunal que requereix l’estudi de marcadors moleculars i cel·lulars així com l’estudi de la resposta immunoendocrina a la infecció
b. Els estudis de parasitosis per la seva prevenció, diagnòstic i tractament
